Žurnalas ar leidybos institucija: G3: genai, genomai, genetika
Autorius (-iai): Leslie, T. ir Baucom, RS
Straipsnio tipas: ataskaita
Įrašo ID: 1400
Anotacija: Žmogaus vykdoma atranka gali sukelti greitą evoliuciją per labai trumpą laiką, o atsparumo herbicidams raida žemės ūkio piktžolėse yra puikus šio reiškinio pavyzdys. Paprastoji ryto šlovė Ipomoea purpurea yra atspari herbicidui glifosatui, tačiau genetinius šios savybės tyrimus apsunkino šios rūšies genominių išteklių trūkumas. Čia pateikiame anotuotą įprastos ryto šlovės Ipomoea purpurea transkriptą kartu su viso genomo ekspresijos profiliavimo tyrimu, siekiant įvertinti galimus genų ekspresijos skirtumus tarp trijų dirbtinai atrinktų herbicidams atsparių linijų ir trijų jautrių linijų. Surinktame Ipomoea transkripte, apie kurį pranešta šiame darbe, yra 65,459 28,000 surinkti nuorašai, iš kurių ~ 19 450 buvo funkciškai anotuoti priskiriant GO kategorijas. Mūsų RNA-seq tyrimas, naudojant šį pamatinį transkriptą, nustatė XNUMX skirtingai išreikštų genų (DEG), susijusių su atsparumu, iš kurių vienas, citochromas PXNUMX, priklauso didelei augalų genų šeimai, susijusiai su ksenobiotine detoksikacija. DEG taip pat plačiai susiję su į receptorius panašiomis kinazėmis, kurios buvo sumažintos atspariose linijose, ir kitus augimo ir gynybos genus, kurie buvo reguliuojami atspariose linijose. Įdomu tai, kad glifosato taikinys – EPSP sintazė – nebuvo pernelyg išreikštas atspariose Ipomoea linijose, kaip ir kitose glifosatui atspariose piktžolėse. Apskritai, šis darbas nustato galimus kandidatų atsparumo lokusus būsimiems tyrimams ir žymiai padidina šios rūšies genominius išteklius. Čia pateiktas surinktas transkriptas taip pat bus vertingas šaltinis Ipomoea bendruomenei, taip pat tiems, kurie domisi glaudžiu Convolvulaceae ir Solanaceae ryšiu filogenetiniams ir lyginamiesiems genomikos tyrimams.
Raktiniai žodžiai: atsparumas, transkriptas, RNA-Seq, piktžolė; 3-fosfokimatas 1-karboksiviniltransferazė, citochromo P-450 fermentų sistema, sumažintas reguliavimas, genų ekspresijos profiliavimas, augalų genų ekspresijos reguliavimas, glicinas, atsparumas herbicidams, herbicidai, besikartojančios sekos, ipomėja, molekulinės sekos anotacija, RNR sekų anotacija , Aukštesnis reguliavimas; Glifosatas
Citata: Leslie, T. ir Baucom, RS, 2014. Žemės ūkio piktžolių Ipomoea purpurea transkripto de novo surinkimas ir anotacija atskleidžia genų ekspresijos pokyčius, susijusius su atsparumu herbicidams. G3: genai, genomai, genetika, p.g3-114.